Sekolah Alam Bogor didirikan pada tahun 2002 oleh anak-anak muda yang tergabung dalam wadah Yayasan Progress Insani. Pada awalnya sekolah ini bernama TK Alam Lembah Parigi dan hanya membuka layanan pendidikan program Taman Kanak-Kanak dan Kelompok Bermain (Playgroup). Lokasi sekolah terletak di di Jalan Arzimar II No. 16B Kelurahan Tegalgundil Kota Bogor.

Pada tahun 2004, seiring dengan pertumbuhan sekolah, lokasi sekolah dipindahkan ke lokasi baru seluas 5000 m2 yang terletak di Jalan Pangeran Ash-Shogiri 150 Kelurahan Tanah Baru Kota Bogor. Nama sekolah diubah menjadi Sekolah Alam Bogor, dengan penambahan layanan program pendidikan tingkat Sekolah Dasar. Setahun berikutnya Sekolah Alam Bogor membuka layanan pendidikan untuk anak-anak berkebutuhan khusus (special needs) dalam wadah program Learning Support Center (LSC). Sekolah Alam Bogor memperoleh ijin operasional dari Dinas Pendididikan Kota Bogor pada tahun 2005 dan terkreditasi pada tahun 2008. Pada tahun ajaran 2008 total jumlah siswa di Sekolah Alam Bogor tercatat sebanyak 296 siswa untuk semua level program.

Konsep Sekolah Alam Bogor mengintegrasikan tiga pilar pendidikan yang diyakini menjadi faktor kunci keunggulan umat manusia, yaitu pilar iman, ilmu dan kepemimpinan. Karena itu kurikulum Sekolah Alam Bogor bukan hanya menekankan pada tercapainya tujuan akademik (kurikulum Diknas), melainkan juga mengembangkan kurikulum non akademik khas Sekolah Alam Bogor.

Sekolah Alam Bogor bertekad menjadi sekolah percontohan tingkat nasional yang mengimplementasikan model pembelajaran terintegrasi berbasis alam dan potensi lokal. Untuk mewujudkan visi tersebut, Sekolah Alam Bogor terus menerus melakukan upaya perbaikan terutama pada tiga hal yang menjadi pilar kunci mutu sekolah, yaitu peningkatan kualitas guru, pengembangan metode pembelajaran yang efektif serta penyediaan sumber dan media belajar yang memadai.